Quando si utilizzano i peptidi, spesso incontriamo indicatori di purezza e contenuto di peptidi. Molte persone potrebbero chiedersi perché la purezza dei loro peptidi è del 95% ma il contenuto dei peptidi è solo dell'80%. Questo perché si tratta di due concetti completamente diversi.
Purezza del peptide: la purezza del peptide si riferisce alla quantità del peptide target rilevato a 214 nm (214 nm è la lunghezza d'onda di assorbimento della catena peptidica) utilizzando l'analisi HPLC.
Contenuto peptidico: si riferisce alla percentuale di peptidi rispetto alle sostanze non-peptidiche in un campione.
La purezza di un peptide si riferisce al contenuto del peptide bersaglio rilevato mediante HPLC a 214 nm (214 nm è la lunghezza d'onda di assorbimento della catena peptidica). Oltre al peptide bersaglio, l'HPLC può rilevare impurità tra cui: sequenze cancellate (sequenze bersaglio prive di uno o più residui di amminoacidi), sequenze troncate (sequenze generate durante la protezione) e sequenze incompletamente deprotette (con conseguente processo di sintesi o processo di scissione finale). Tuttavia, l'HPLC non è in grado di rilevare acqua e sali residui come trifluoroacetato (TFA) e acetato. Durante la sintesi del peptide, la sequenza peptidica viene scissa dalla resina utilizzando TFA e durante la purificazione viene generata anche una piccola quantità di TFA. Pertanto, l'estremità amminica libera e altre catene laterali del peptide, come Arg, Lys e His, possono generare piccole quantità di impurità TFA. Un altro problema è l'umidità. I peptidi vengono solitamente disidratati mediante liofilizzazione, ma anche così l'acqua esisterà in misura diversa a seconda della capacità di legame covalente. Pertanto, i peptidi rilasciati contengono tipicamente sali TFA e tracce di acqua, che non sono rilevabili mediante HPLC, portando così a differenze nel contenuto e nella purezza dei peptidi.
